Según el Gran Secretario de la Gran Logia Autónoma de Chile, V.H. Raúl Morales Codelia, investigador y especialista en problemática sectaria, la masonería, definitivamente “NO” es una secta, toda vez que en ningún momento pretende la sumisión de sus miembros, no existe sometimiento ante falsos gurúes o seguimiento de líderes negativos, sean estos carismáticos, democráticos, autoritarios u otros, muy por el contrario, ofrece a cada uno de sus miembros un camino personalizado de autoaprendizaje con la pretensión de avanzar en el perfeccionamiento de sí mismo.
La Gran Logia Autónoma en particular, y la Masonería en geenral no admite en sus Logias a menores de edad, está dirigida a hombres libres, de buena reputación y dotados de plena autonomía como individuos.
La Masonería no actúa sobre la base de comportamientos sectarios como la desviación del libre pensamiento, de opinión o de religión, menos aún en el caso de la Gran Logia Autónoma de Chile que exige, a todos sus miembros, como paso previo a la Iniciación, la condición de ser creyentes en un solo Dios, y el compromiso individual y colectivo de no ser partícipes en actos o acciones que atenten contra el orden público, leyes o reglamentos, derechos fundamentales, seguridad o integridad de las personas.
La Masonería tampoco puede ser catalogada como una organización secreta, sino más bien discreta, especialmente en su concepción ritualista, y en sus fines didácticos y docente para con sus miembros, dado que su estructura de aprendizaje es gradual e histórica, esto se debe principalmente a la persecución de que ha sido objeto permanentemente sus miembros, por parte de organizaciones y personas intolerantes, fundamentalistas que en muchos lugares y momentos ha pretendido dominar a los demás por medio de la ignorancia y el temor, y que por lo mismo consideran a la Masonería y a los masones como contrarios a sus malsanos principios y fines.
Sin embargo, en su tarea de contribución al mejoramiento social, cada masón en su actividades cotidianas, tienen el compromiso para consigo mismo y los demás de proclamar y poner en práctica los nobles principios y fines de la Francmasonería.